Sejarah tulisan Jawi di Nusantara berkait rapat dengan kedatangan Islam ke Nusantara. Berpandukan beberapa fakta, kebanyakan sejarawan terutamanya dari Barat berpendapat, kedatangan Islam ke Nusantara berlaku pada abad ke-13 Masihi. Islam dibawa oleh saudagar-saudagar Islam berbangsa Arab, Parsi dan India. Dari segi bukti, terdapat lima bukti utama menunjukkan tulisan Arab telah digunakan di alam Melayu. Bukti-bukti tersebut ialah:
Penciptaan sistem tulisan Jawi terbentuk oleh kesepaduan rangkaian :
a) Batu nisan Makam Syeikh Abdul Qadir Ibn Husin Syah Alam, di Langgar, Alor Setar, Kedah, yang bertarikh 290 Hijriah (910M) telah ditemui. Penemuan batu nisan ini menolak pendapat yang menyatakan Islam mula diterima oleh penduduk Kedah pada akhir abad ke-15M. Hal ini demikian kerana sekiranya batu nisan itu ditemui bertarikh 910M sudah tentu penduduk di Langgar, Kedah lebih awal menganut Islam sebelum tarikh yang tertera pada batu nisan tersebut.;
b) Sebuah batu nisan telah ditemui di Pekan, Pahang, bertarikh 14 Rabiulawal 419H (1026M).;
c) Batu nisan turut ditemui di Phanrang, Vietnam yang bertarikh 431H(1039M).
d) Batu nisan Makam Puteri Sultan Abdul Majid Ibn Muhammad Shah yang bertarikh 440H (1048M) turut ditemui di tanah perkuburan Islam, Jalan Residensi, Bandar Seri Begawan, Brunei.
e) Bukti lain ialah penemuan batu nisan Makam Fatimah binti Maimun bin Hibat Allah bertarikh 475H (1082M) di LeranGrisek, Jawa Timur.
Kelima-lima penemuan itu telah menjadi suatu bukti yang kukuh bahawa tulisan Arab telah wujud di Asia Tenggara sejak abad ke-10 Masihi lagi. Namun demikian, bukti-bukti tersebut ditulis dalam bahasa Arab dan belum ada yang ditulis dalam bahasa Melayu. Kira-kira 300 tahun lebih kemudian, daripada bukti pertama yang bertulis Arab, barulah ditemui bukti dalam bahasa Melayu yang menggunakan tulisan jawi. Bukti tersebut ialah bukti batu bersurat yang ditemui di Kuala Berang, Terengganu yang bertarikh pada 4 Rejab 702H bersamaan 22 haribulan Februari 1303M. Bukti ini ditulis di empat penjuru dengan bahasa Melayu huruf Jawi dan mengandungi hukum syarak yang wajib dipatuhi oleh semua rakyat. Penemuan ini menunjukkan tulisan Jawi telah digunakan sebelum tahun 1303M lagi dan sehingga hari ini, tulisan Jawi masih digunakan. Bentuk tulisan Jawi pada bukti ini ialah tulisan khat yang mudah dibaca dan nada menyebut nama Tuhan dengan panggilan “Dewata Yang Mulia”. Bukti ini merupakan satu kesan sejarah Islam yang terpenting dijumpai di Malaysia kerana telah membuktikan dengan jelas betapa ajaran Islam sebenarnya telah dilaksana dan diamalkan dengan sempurna dan kuat pada kurun ke-14M. Malah, ramai pengkaji sejarah berpendapat penggunaan Jawi berkembang bersama dengan perkembangan Islam di Nusantara.
Dari segi manuskrip pula, tulisan Jawi yang tertua bertarikh pada 998H (1590M) iaitu naskhah bagi kitab ‘Aqaidal-Nasafi karangan Syeikh Nuruddin ar-Raniri. Buku ‘Aqa’idal-Nasafi, diterjemahkan daripada bahasa Arab ke bahasa Melayu, merupakan manuskrip Melayu tertua dijumpai sehingga kini. Menjelang abad Masihi ke-20, tulisan Jawi telah digunakan dalam semua bidang kehidupan pada masa itu. Pada ketika itu, tulisan Jawi amat disukai oleh orang Melayu sama ada tua dan muda. Malahan menurut catatan Ibn Battutah, Valentijn, seorang penulis Belanda, dipetik sebagai berkata: “if you don`t understand this language, you are not considered a very broadly educated man in East”. Selain kitab-kitab agama, sejarah, mitos, seloka, pantun dan peradaban Melayu telah dihasilkan dalam tulisan Jawi.
Namun, keagungan tulisan Jawi beransur-ansur kurang penting tahun demi tahun apabila penekanan kepada penggunaan tulisan Rumi lebih diutamakan. Semasa penjajahan Inggeris di Tanah Melayu, huruf Rumi diperkenalkan untuk menulis bahasa Melayu. Ini berlaku pada awal abad ke-20. Penggunaan terawal huruf Rumi untuk menulis bahasa Melayu adalah di dalam kamus Melayu-Latin yang diterbitkan pada tahun 1641. Pada tahun 1800, huruf Rumi digunakan untuk menghasilkan kitab Injil dalam bahasa Melayu. Pada awal abad ke-20, huruf-huruf Rumi diperkenalkan sebagai ganti huruf Jawi oleh pihak British dalam Sistem Pendidikan Sekolah di Tanah Melayu. Malah, terdapat pelbagai pihak telah cuba untuk menggantikan tulisan Jawi dengan tulisan Rumi sejak tahun 1950-an. Alasan utama yang mereka gunakan ialah kerana sistem ejaan tulisan Jawi mempunyai banyak kekurangan berbanding sistem ejaan Rumi. Malahan, mereka mendakwa sistem Rumi mudah diajar di sekolah-sekolah. Akhirnya, pada tahun 1965, huruf Rumi telah diterima oleh pihak kerajaan sebagai sistem penulisan untuk bahasa Melayu sebagai menggantikan huruf Jawi. Selepas tarikh ini, penggunaan Jawi dalam bahasa Melayu semakin berkurangan sebagai satu bentuk tulisan dan media percetakan. Sebagai buktinya akhbar Jawi Utusan Melayu yang merupakan satu-satunya akhbar yang menggunakan tulisan Jawi dalam menyampaikan wadah berita terpaksa diberhentikan penerbitan lantaran daripada kurangnya sambutan terutama daripada masyarakat Melayu itu sendiri.
Kesedaran mengenai kepentingan warisan bangsa Melayu ini kembali dimartabatkan pada tahun 2005. Pada ketika itu, program J-QAF diperkenalkan di sekolah-sekolah rendah yang bertujuan untuk memperkukuhkan Pendidikan Islam melalui penekanan dalam pengajaran Jawi, Al-Quran, bahasa Arab dan Fardu Ain di sekolah rendah. Idea ini adalah hasil cetusan idea Perdana Menteri Malaysia Kelima, iaitu YAB Dato’ Seri Abdullah Hj. Ahmad Badawi semasa lawatannya ke Kementerian Pendidikan Malaysia (KPM) pada 30 Disember 2003. Selepas itu, pelbagai usaha telah dilakukan dalam memartabatkan tulisan Jawi, termasuklah usaha-usaha berterusan yang dilaksanakan oleh Majlis Ugama Islam Dan Adat Resam Melayu Pahang.